El juego comienza mostrando un pequeño resumen de los acontecimientos de juegos antiguos de la serie, y algo nuevo: se anuncia la quiebra de la Corporación Umbrella; debido a las acciones de Chris Redfield, Jill Valentine y Albert Wesker, hecho relatado en Umbrella Chronicles. El protagonista de RE4 es Leon S. Kennedy, un sobreviviente de Raccoon City, que ahora trabaja como agente secreto para el gobierno estadounidense. Leon debe investigar la sospecha de Ashley Graham, la hija del presidente, quien fue secuestrada y aparentemente en un pueblo remoto de España. Leon es asistido por Ingrid Hunnigan, quien le da información sobre el terreno.